Tanto as empresas de biotecnologia quanto as farmacêuticas podem produzir medicamentos, mas as fórmulas das empresas de biotecnologia têm uma base biológica, enquanto as das empresas farmacêuticas têm uma base química. As empresas de biotecnologia usam organismos vivos ou seus produtos, como bactérias ou enzimas, para fabricar seus medicamentos. Por outro lado, as empresas farmacêuticas usam geralmente materiais artificiais para criar drogas.

Empresas de biotecnologia também têm algumas aplicações mais amplas do que empresas farmacêuticas. Por exemplo, as empresas de biotecnologia podem atuar na indústria de alimentos ou agronegócios desenvolvendo versões de culturas sem alérgenos alimentares específicos, culturas que exigem menos pesticidas e culturas com um perfil nutricional mais completo. Embora haja alguma sobreposição entre empresas de biotecnologia e farmacêuticas em termos de pesquisa, fabricação e distribuição de medicamentos, o escopo da biotecnologia é maior.

Há também uma diferença substancial nos custos operacionais, especialmente o custo de pesquisa e desenvolvimento. As empresas de biotecnologia têm custos muito maiores devido ao seu foco em pesquisa e desenvolvimento (em oposição à fabricação de empresas farmacêuticas) e ao tempo e à dificuldade em testar e criar novos produtos.

A discrepância no custo e no tempo necessário para fabricar um novo produto levou os produtos de biotecnologia a manter suas patentes por muito mais tempo do que as empresas farmacêuticas. As empresas farmacêuticas geralmente detêm os direitos exclusivos de fabricar e distribuir seus medicamentos por cinco anos, já as empresas de biotecnologia têm suas patentes por 12 anos.

Mas em termos de resultados, as companhias de biotecnologia podem levar muito mais tempo operando sem lucros até que uma das suas patentes comece a dar dividendos. A estabilidade e a demanda das farmacêuticas também levam a um melhor desempenho em termos de valorização no mercado financeiro, por exemplo.